Un film sulla figura enigmatica e affascinante del giovane Leonardo da Vinci che riesce a ricreare il suo mondo fatto di scoperte geniali, invenzioni intelligenti, momenti dedicati al divertimento e un grande sogno: riuscire a volare.  In questa avventura insieme a Leo ci sono vecchi e nuovi amici, tra cui la forte e determinata Lisa di cui il ragazzo è innamorato senza saperlo. C’è anche un manipolo di temibili Pirati che ricorrono alle maniere forti per raggiungere il loro obiettivo: recuperare il tesoro sotto il mare vicino all’Isola di Montecristo. Grazie alle sue avveniristiche invenzioni, prima tra tutte lo scafandro, Leo trova per primo il tesoro… ma i pirati non stanno a guardare!

Leo si reca a Firenze per studiare pittura nella bottega del Verrocchio e senza rendersene conto si trasforma in una pedina nelle trame ordite contro i Medici. Alcuni cospiratori, che cercano di impadronirsi del governo della città, vogliono infatti le sue invenzioni, ed è solo grazie alle sue straordinarie doti e alla sua intelligenza che Leo riesce a sconfiggerli. A capo della congiura ritroviamo uno dei vecchi nemici di Leo: il Pirata Fly, assetato di vendetta. Gli amici Lisa e Lorenzo aiutano il giovane genio in questa avventura. In ogni episodio troveremo momenti divertenti e altri connessi alla “storia” tra Leo e Lisa, di cui il ragazzo è sempre stato innamorato.